Początkowe lata jego duszpasterskiej posługi związane były z ówczesną diecezją chełmińską. Jego pierwszą placówką duszpasterską stała się wieś Pawłowo. Następnie został wikarym w Zwinarzu, administratorem w Ostrowitem, oraz od grudnia 1938 roku w Mędromierzu koło Tucholi. Jego sąsiadem w Wielkim Mędromierzu był brat jego ojca chrzestnego – ksiądz doktor Krefft. Ten duchowny namawiał Bernarda, aby w jego parafii wygłosił kazanie po niemiecku, na co Bernard w końcu się zgodził. Ten epizod, wpłynął znacząco na jego dalsze losy, co uratowało mu życie. Kiedy Niemcy wkroczyli do Polski we wrześniu 1939 roku mieli gotowe listy Polaków przeznaczonych do eksterminacji. Było na nich wiele nazwisk księży, m.in. Bernarda Goebla. Na zebraniu Selbstschutzu w obecności wielu Volksdeutchów i gestapowców jeden z nich wstawił się za księdzem Goeblem mówiąc ”Ksiądz Goebel nie jest wrogiem Niemców, bo na odpuście w lipcu wygłosił piękne niemieckie kazanie, cytując Goethego i Schillera", więc jego nazwisko zostało skreślone z listy. Wkrótce jednak, bo 29.10.1939 roku został aresztowany i umieszczony wraz z resztą kapłanów dekanatu tucholskiego w Zakładzie św. Anny w Kamieniu Krajeńskim. Jak później pisał we wspomnieniach „w klasztorze życie było znośne”. W tym miejscu ks. Bernard dał wyraz swemu patriotyzmowi, czego dowodem są następujące słowa: ”Na krótko przed Bożym Narodzeniem zjawiła się w klasztorze komisja gestapo i ktokolwiek mógł przedstawić jakiekolwiek papiery, że nie był wrogiem Niemców, mógł się zgłosić. Było kilku nauczycieli, którzy zgłosili się i mając dowód na piśmie od jakiegoś Volksdeutscha byli uwolnieni. Ja właśnie kilka dni przedtem otrzymałem od mojej siostry pismo nowego niemieckiego wójta z mojej rodzinnej wioski, który uczęszczał ze mną do tej samej klasy w szkole podstawowej, że nigdy nie byłem wrogo nastawiony do Niemców. [...] Podarłem i zniszczyłem to pismo". Bernard postanowił dzielić los kapłanów swego dekanatu.
   Po około 2-miesięcznym pobycie w Kamieniu. Ks. Goebel został przewieziony do Stutthofu, gdzie pracował przymusowo przy jego rozbudowie. Musiał także pracować przy wyrębie drzewa z okolicznego lasu. 10 kwietnia 1940 roku przetransportowany został do Sachsenhausen. W tym obozie znajdowali się księża z całej Polski. Po upływie pół roku został przeniesiony do Dachau i otrzymał numer obozowy 22805. Tu zgromadzono niemal wszystkich księży katolickich aresztowanych przez Niemców, także innych narodowości. Ks. Bernard wspomina, iż o życiu i warunkach panujących w tym obozie powstała książka. /autor ks. Bedych Hoffman – Czech/ .Powstawała „na gorąco” w obozie w Dachau, w komando Trockenboden na plantacji ziół leczniczych. W tym komandzie pracowało kilku kapłanów polskich i czeskich. Ks. Hoffman, chociaż był Czechem znał dobrze język polski. Pewnego dnia w czasie pracy, jak wspomina ks. Goebel, przysiadł się do mnie w czasie pracy i mówił ”Słuchaj, ja tutaj w obozie piszę książkę, w której opisuję przejścia z życia kapłanów. Czy chcesz mi podać, co przeszedłeś z twoją polską grupą od czasu aresztowania w Polsce? Ale pamiętaj, że jeżeli gestapo przechwyci list, który spoza obozu wysyłam co dwa tygodnie do Czechosłowacji, w którym będzie twoje i moje nazwisko, to obaj będziemy wisieli". Na to ksiądz Goebel odrzekł ”Ja nie dbam o to, chcę, aby świat dowiedział się, co przechodziliśmy i jak brutalnie, nieludzko nas traktowano". Ksiądz Hoffman przez prawie 2 godziny pisał moje zeznania, które ukazały się na dziesięciu stronach jego książki. Cudem żadnego z listów, które co 2 tygodnie wysyłał, gestapo nie przechwyciło. Życie w Dachau, jak wspomina ksiądz Goebel było „piekłem na ziemi”, ale były też jasne dni, bo księża odprawiali msze św. konsekrowane i słuchali spowiedzi polskich współwięźniów. Jak mówił później ksiądz Goebel, w Dachau czuwała nad nimi Opatrzność Boża. Cudem uniknął kary słupka (wiszenie przez godzinę za ręce na słupku albo karcer bądź dzień lub dwa o chlebie i wodzie) za zaspanie i nie pojawienie się w pracy przed południem. Nadzorujący pracę Niemiec ostatecznie nie złożył meldunku do komendanta obozu /Komandofuhrer/, przez co ksiądz uniknął kary. Sytuacja w Dachau poprawiła się, gdy komendantem obozu został Weiss. Zakazano bicia więźniów. Jednak przez cały czas prowadzone były eksperymenty pseudomedyczne dotyczące malarii. Poddawano im wyłącznie polskich księży. Na skutek interwencji polskich kapłanów u komendanta obozu i uzyskanego wsparcia ze strony komendanta plantacji Vogta, Weiss zabronił dalszych doświadczeń, ponieważ jak mówił, więźniowie potrzebni byli do pracy w gospodarce wojennej Niemiec. Nie udała się też próba przekabacenia księży na Volksdeutschów. Gdy na zbiórce wszystkich polskich kapłanów z 28–mego bloku na placu obozowym zjawiło kilku SS-manów z Raporfuhrerem, że ktokolwiek z polskich księży umie po niemiecku, czy też był w niemieckiej szkole, albo służyłi w niemieckiej armii, niech wystąpią, a otrzymają Volksdeutscha. Z liczby zebranych około 1000 polskich księży, z których wielu znało j. niemiecki, chodziło do niemieckich szkół, a niekiedy służyli w niemieckiej armii, to jednak nikt się nie ruszył. Ta postawa nieugiętości i niezłomności kapłanów, mimo szykan, prześladowań i innych represji wywoływała ataki złości u Niemców, z których jeden powiedział „Alles fanatische Hunde" /wszystkie fanatyczne psy/. 29 kwietnia 1945 roku do obozu w Dachau wkroczyły wojska amerykańskie i ks. Bernard, podobnie jak i inni współwięźniowie, został zwolniony.
   Przeszedł okres rekonwalescencji we Francji i Włoszech. Następnie przez 5 lat był duszpasterzem w polskich obozach dla wysiedleńców przymusowych – Displaced Persons, skąd Polacy udawali się na przymusową emigrację do Stanów Zjednoczonych, Kanady, Austrii i innych krajów. W tym czasie wyszło polecenie z Rzymu ze Stolicy Apostolskiej, aby kapłani przyłączali się do emigrantów. Jako że ksiądz Goebel znał trochę język angielski, postanowił wyjechać do USA. Tam z listy księży wybrał go arcybiskup Lucey z San Antonio. Po przyjeździe do Teksasu w styczniu 1951 roku został posłany do parafii św. Michała w Weimar. Tam otrzymał od jednej z zakonnic wspomnianą już książkę Hoffmana. W 1968 roku ksiądz Bernard został proboszczem w najstarszej polskiej parafii w Stanach Zjednoczonych w miejscowości Panna Maria należącej do diecezji San Antonio. W tej wspólnocie ks. Goebel włączył się w nurt pracy. W 1966 r. w Panna Maria odbyły się obchody Milenijne, które zgromadziły Polaków z całego Teksasu. Podobnie było 1974 roku podczas uroczystości kościelnych i narodowych związanych ze 120 rocznicą istnienia parafii. Ks. Goebel zorganizował przy tej wspólnocie szkołę polską oraz Muzeum pamiątek Narodowych i Kościelnych. Przyczynił się też do uaktywnienia miejscowego Towarzystwa Historycznego / Panna Maria Historical Association/. Działał w organizacji polonijnej „Polish American Congress of Texas”. Dzięki jego inicjatywom, przywiązaniu do tradycji i rodzinnych przekazów zachował się wśród Polaków z Panna Maria język ojczysty, a wierni odbudowali poczucie narodowe. Ponadto ks. Goebel kontynuował na obczyźnie swoje ulubione łowiectwo.
   Dnia 5 grudnia 1979 roku ksiądz Goebel uroczyście obchodził 50-lecie kapłaństwa. W 1986 ufundował dla swej rodzinnej parafii rzeźbę św. Maksymiliana Kolbego, którą umieszczono w jednej z kaplic narożnych na cmentarzu przykościelnym. Poza postacią świętego jest tam tablica z napisem: „Ku czci św. Maksymiliana Marii Kolbego oraz ku pamięci współziomków parafii Brusy zamordowanych przez okupanta w czasie II wojny światowej 1939-1945. Ks. Kanonik Bernard Goebel, proboszcz parafii Panna Maria, Teksas, USA".
W maju 1985 roku ks. Bernard Goebel uzyskał godność kanonika honorowego Kapituły Katedralnej w Pelplinie nadaną przez ordynariusza diecezji chełmińskiej, Księdza Biskupa Mariana Przykuckiego.
   13 września 1987 roku ksiądz ze swymi parafianami uczestniczył w specjalnej audiencji u ojca świętego w San Antonio. W tym samym roku przeszedł na emeryturę i przeniósł się do San Antonio, gdzie wybudował sobie niewielki domek niedaleko Sanktuarium Matki Bożej Częstochowskiej.
   Dnia 31 stycznia 1991 roku prezydent Lech Wałęsa nadał księdzu Goeblowi odznaczenie Krzyż za udział w wojnie 1918-1921 /za ochotniczą służbę wojskową w 64 pułku piechoty w czasie wojny w 1920 roku./ Odznaczenie to ks. Goebel odebrał 3 maja 1992 roku w polskim konsulacie w Los Angeles.
   Latem 1998 roku do miasteczka Panna Maria przybył premier Jerzy Buzek. Spotkał się ze społecznością tej miejscowości, a także z księdzem kanonikiem Bernardem Goeblem.
   Po wyjeździe do Stanów Zjednoczonych ksiądz dwukrotnie odwiedzał swoich bliskich w rodzinnej parafii. W 1999 roku obchodził jubileusz siedemdziesięciolecia święceń kapłańskich.
   Zmarł 24.06.2001 roku w San Antonio i tam został pochowany. W Brusach tego dnia odbyła się msza święta żałobna w jego intencji, na której obecni byli rodzina zmarłego i wielu mieszkańców.

Bibliografia:
    Archiwum parafii Brusy , księgi metrykalne, księga chrztów 1888- 1911, Nr 1905/ 32
    Relacja Krzysztofa Goebla z Brus, przy ul. Traugutta z dnia 6 kwietnia 2000 roku
    Szuca W., praca KLO Brusy 2000
    Goebel B, ks. Przebaczyć a nie zapominać. Wspomina ks. Kanonik B. Goebel. Dachau nr 22805 . San Antonio. Teksas.
    Kotewicz P./ks/, Oni stąd wyszli. Pelplin Berdinum 2000